该系统分为忍者许愿、许愿宝库、组织祈愿等多种形式，每种形式均有特定规则和参与条件。忍者许愿通常出现在限时活动中，允许玩家从指定A级忍者中选择一个作为目标，通过完成每日任务积累心愿宝石兑换永久忍者；许愿宝库则需要消耗忍界召集券进行抽奖，可获取S级忍者碎片及稀有道具；组织祈愿则需加入组织72小时后，使用祈愿绘马申请碎片捐赠。合理规划资源投入和时机选择是提高许愿效率的关键。
参与忍者许愿活动时，玩家需首先在活动界面选择心仪的A级忍者，确认后将立即获得该忍者7天体验卡。每日任务和每周任务是获取心愿宝石的主要途径，例如登录游戏、完成决斗场对战等基础任务。当累计获得3000-10000个心愿宝石时（具体数量因活动版本而异），即可兑换永久忍者。需注意活动周期通常持续2-4周，未及时完成的任务可通过金币补领，但每周任务重置后无法追溯。部分活动允许消耗点券直接购买心愿宝石，但性价比需自行权衡。
许愿宝库作为常驻玩法，需消耗168金币购买幻彩石兑换忍界召集券进行抽奖。每次许愿必得10个许愿币及随机奖励，包括S忍碎片、铜币或额外许愿币。保底机制设定在250-270抽可获得整卡，前3次许愿免费。组织祈愿是碎片获取的补充方式，要求玩家等级≥25级且加入组织超过72小时。
通过消耗祈愿绘马发布需求，组织成员可捐赠碎片协助完成收集。VIP等级影响每周可捐赠和接收的碎片上限，S级忍者需拥有至少1片才能发起祈愿。该系统每周一19点重置次数，合理利用组织资源能有效加速忍者培养进度。需注意不同许愿系统的资源不互通，忍者碎片需通过对应渠道获取。
